Có mặt bên cạnh những người làm nông nghiệp hàng nghìn năm nay, động vật cũng như thực vật của châu Âu bị các hoạt động của con người ảnh hưởng mạnh. Ngoại trừ Scandinavia và bắc Nga, thì chỉ còn vài vùng trong châu Âu hầu như còn nguyên tình trạng hoang dã, không kể các vườn động thực vật nhân tạo.

Thảm thực vật chủ yếu

Thảm thực vật chủ yếu ở châu Âu là rừng. Điều kiện ở châu Âu rất thuận lợi cho rừng phát triển. Về phía bắc, Hải lưu Gulf Stream và Hải lưu Bắc Đại Tây Dương sưởi ấm lục địa này. Nam Âu thì có khí hậu ấm và ôn hòa. Vùng này thường có mưa rào mùa hè. Các dãy núi cũng ảnh hưởng tới các điều kiện phát triển sinh vật. Một số dãy (Alps, Pyrene) có hướng đông-tây nên tạo điều kiện cho gió mang một lượng nước rất lớn từ biển vào trong đất liền. Các dãy khác thì hướng nam-bắc (các dãy Scandinavia, Dinarides, Karpati, Apennin) và vì mưa chỉ đổ chủ yếu phía bên sườn núi hướng ra biển nên rừng rất phát triển về phía này, trong khi phía bên kia thì điều kiện kém thuận lợi hơn. Một số nơi trong châu Âu lục địa ít có thú nuôi trong một vài giai đoạn, và việc phá rừng cho sản xuất nông nghiệp đã ảnh hưởng đến hệ sinh thái động và thực vật nguyên thủy.

Khoảng 80 – 90% châu Âu từng được bao phủ bởi rừng. Rừng trải từ Địa Trung Hải đến tận Biển Bắc Cực. Mặc dù hơn nửa số rừng nguyên sinh của châu Âu biến mất qua hàng thế kỷ thực dân hóa, châu Âu vẫn còn 25% số rừng của thế giới (rừng vân sam (spruce) của Scandinavia, rừng thông bạt ngàn ở Nga, rừng nhiệt đới ẩm (rainforest) của Kavkaz và rừng sồi bần (cork oak) trong vùng Địa Trung Hải). Trong thời gian gần đây, việc phá rừng đã bị hạn chế rất nhiều và việc tái trồng rừng ngày càng nhiều. Tuy thế, trong hầu hết các trường hợp người ta thích trồng cây họ thông hơn là loại các cây rụng lá sớm nguyên thủy vì thông mọc nhanh hơn. Các trang trại và đồn điền chăn nuôi thiên về một loài trên một diện tích rộng lớn đã không tạo điều kiện thuận lợi cho các loài sinh vật khác nhau trong rừng châu Âu sinh trưởng. Lượng rừng nguyên sinh ở Tây Âu chỉ còn chừng hai đến ba phần trăm tổng số rừng (nếu tính cả Nga thì sẽ là năm đến mười phần trăm). Nước có tỉ lệ rừng bao phủ thấp nhất là Ireland (tám phần trăm), trong khi nước có nhiều rừng bao phủ nhất là Phần Lan (72 phần trăm).

Trong châu Âu "lục địa", rừng cây rụng lá sớm (deciduous) chiếm ưu thế. Các loài quan trọng nhất là sồi beech, bulô (birch) và sồi. Về phía bắc, nơi rừng taiga sinh sôi, loài cây phổ biến nhất là bulô. Trong vùng Địa Trung Hải, người ta trồng nhiều cây olive là loại đặc biệt thích hợp với khí hậu khô cằn ở đây. Một loài phổ biến tại Nam Âu là cây bách. Rừng thông chiếm ưu thế ở các vùng cao hay khi lên phía bắc trong Nga và Scandinavia, và nhường lối cho tundra khi đến gần Bắc Cực. Vùng Địa Trung Hải với khí hậu bán khô cằn thì có nhiều rừng rậm. Một dải lưỡi hẹp đông-tây của thảo nguyên Âu Á, trải dài về phía đông tại Ukraina và về phía nam tại Nga và kết thúc ở Hungary và đi qua rừng taiga ở phía bắc.

Động vật

Việc đóng băng trong thời kỳ Băng hà gần đây nhất và sự hiện diện của con người đã ảnh hưởng tới sự phân bố của hệ động vật châu Âu. Về động vật thì nhiều khu vực của châu Âu, đa phần các loài động vật lớn và các loài thú ăn thịt hàng đầu đã bị săn tới tuyệt chủng. Loài voi mamut có lông và bò rừng châu Âu (aurochs) đã tuyệt chủng trước cuối thời kỳ Đá Mới. Ngày nay, chó sói (ăn thịt) và gấu (ăn tạp) đang bị đe dọa tuyệt chủng. Có thời những loài này có mặt trên khắp châu Âu. Tuy nhiên, việc phá rừng đã khiến các loài này mất dần. Vào thời Trung Cổ thì môi trường sống của các loài gấu chỉ còn trong các vùng đồi núi khó đến với rừng rậm bao phủ. Ngày nay, gấu nâu sống chủ yếu trong bán đảo Balkans, ở Bắc Âu và Nga; một số nhỏ cũng còn ở một số nước châu Âu (Áo, Pyrene, v.v.), tuy thế tại những nơi này số lượng gấu nâu bị phân tán và cho ra rìa vì môi trường sống của chúng bị phá hoại. Ở cực bắc châu Âu, có thể thấy gấu bắc cực. Chó sói là loài phổ biến thứ hai ở châu Âu sau gấu nâu cũng được tìm thấy chủ yếu tại Đông Âu và vùng Balkans.

Các loài ăn thịt quan trọng ở châu Âu là mèo rừng Âu Á (Eurasian lynx), mèo hoang châu Âu, cáo (đặc biệt là cáo đỏ), chó rừng (jackal) và các loài chồn marten, nhím Âu, các loại rắn (rắn viper, rắn cỏ...), các loài chim (cú, diều hâu và các loài chim săn mồi).

Các loài ăn cỏ quan trọng ở châu Âu là ốc sên, các loài lưỡng cư, cá, các loại chim, các loại động vật có vú, như các loài gặm nhấm, hươu, hoẵng (roe deer), lợn rừng, cũng như con marmot, dê rừng vùng Alps (steinbock), sơn dương (chamois) là những loài sống trong núi.

Động vật biển cũng đóng vai trò quan trọng trong hệ động thực vật châu Âu. Thực vật biển chủ yếu là tảo đơn bào trôi nổi (phytoplankton). Các loài động vật quan trọng sống trong môi trường biển châu Âu là giáp xác trôi nổi (zooplankton), động vật thân mềm (molluscs), động vật da gai (echinoderms), các loài tôm, mực ống và bạch tuộc, các loại cá, cá heo, và cá mập.

Một số loài sống trong hang như proteus và dơi.